На берегу Большого Шантропая построены детский лагерь и базы отдыха. На дне озера залегают минеральные грязи мощностью в один метр. Еще более мощные иловые отложения характерны для Малого Шантропая. Общие запасы грязей превышают 4 миллиона кубических метров. Они имеют черный цвет, очень мягкие и пластичные, с незначительной засоренностью. Благодаря своим физическим и химическим свойствам имеют большую лечебную ценность. Лечебными свойствами обладает и щелочная вода озера. Отдохнуть на озере Большой Шантропай летом приезжают сотни жителей из Копейска. Старожилы рассказывают, что на дне озера отдельными линзами залегает голубая глина. И если в озере искупаться, то на теле заживают ссадины и прочие болячки.

Водоем довольно крупный (площадь водного зеркала 5,2 квадратных километра) и сравнительно глубокий (средняя глубина 3,4 метра, максимальная — 4,6 метра). Имеет правильную овальную форму, несколько вытянут с севера на юг. Западный берег, как у всех больших озер Еткульского района, возвышенный, террасированный, высотой 30—35 метров. К северу и югу берега понижаются. На восточном берегу раскинулся сосновый бор, который тянется на несколько километров к востоку.

Озеро бессточное, пополняется в основном за счет осадков. Поскольку почвогрунты засоленные, а озеро бессточное, то и вода в нем повышенной минерализации (15 г/л) и щелочности.

На берегу озера можно встретить редких насекомых: малого лесного муравья, махаона обыкновенного, красотку блестящую.

Название озера, по мнению топонимиста Н.И. Шувалова, произошло от распространенного в прошлом у башкир древнего тюркского мужского имени Шанатрапай, Шанатрабай.